ИПМИ осуществляет научно-исследовательскую деятельность, клинические исследования и образовательные проекты в тесном сотрудничестве с рядом крупных российских НИИ медицинского профиля, а также академических медицинских организаций.
Среди самых значимых для проектов института можно выделить: ЦИТО им.Н.Н.Приорова (разработки новейших методов гемостаза при операциях на позвоночнике), МОНИКИ им.М.Ф.Владимирского (клинические исследования эндоскопических методов гемостаза), НИИ скорой помощи им.Н.В.Склифосовского (разработка методов неотложной гастроэнтерологической помощи), НМИЦ колопроктологии им.А.Н.Рыжих (колоректальная хирургия, эндоскопия).
Среди академических научно-образовательных центров МОНИИК активно сотрудничает с МГМУ им.И.М.Сеченова, РНИМУ им.Н.И.Пирогова, Ряз ГМУ им.И.П.Павлова.
Также ИПМИ тесно сотрудничает с Российским обществом хирургов и Детской городской клинической больницей им. З.А. Башляевой.
